O SAAE possui laboratórios físico-químicos e bacteriológicos com equipamentos de última geração para garantir a qualidade da água tratada que será distribuída à população.
O controle da qualidade também é feito por meio das análises de água realizadas diariamente durante o processo de produção na ETA (Estação de Tratamento de Água) e nas amostras de água coletadas em vários pontos da cidade.